公开数据分析

有关 SARS-CoV-2 谱系的数据以及从智利序列中获取样本的日期是从 Consorcio Genomas CoV2 网站获得的，网址为： https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global。疫苗接种数据取自科学、技术、知识和创新部的公共数据，网址为： https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 （产品 83）。

传染性测定

如我们之前所述，制备了携带不同 SARS-CoV-2 刺突蛋白的假型病毒¹²。简而言之，通过以 1:2 摩尔比转染 pNL293-ΔEnv-Luc 和相应的 pCDNA-SARS-CoV-4.3 Spike 编码载体，在 HEK2T 细胞中产生基于 HIV-1 的 SARS-CoV-1 假型。编码密码子优化刺突的质粒缺乏 C 末端最后 19 个氨基酸 (SΔ19)，已知可避免在内质网中滞留¹² 通过基因合成或定制定点诱变（GeneScript）获得并包含以下突变：谱系A（参考序列）、谱系B（D614G）、谱系B.1.1.7（Δ69-70、Δ144、N501Y、A570D、 D614G、P681H、T716I、S982A、D1118H)、谱系 P.1 (L18F、T20N、P26S、D138Y、R190S、K417T、E484K、N501Y、D614G、H655Y、T1027I) 和谱系 C.37 (G75V、T76I、Δ246) 252- 452、L490Q、F614S、D859G、T3,000N）。每个假型制备物在室温下以 1 rpm 离心澄清，使用 HIV-24 Gag p50 Quantikine ELISA 试剂盒（R&D Systems）进行定量，在 80% 胎牛血清（Sigma-Aldrich）中等分并保存在 -1 °C 直至使用。使用不同量的假型病毒（根据 HIV-24 p2 蛋白的水平确定）感染 HEK-ACE48 细胞，96 小时后，使用荧光素酶测定试剂 (Promega) 在 Glomax XNUMX 微孔板中测量萤火虫荧光素酶活性光度计（Promega）。

中和试验

假型病毒中和测定基本上按照我们之前的描述进行¹²。简而言之，在含有 1% 胎牛血清的 DMEM 中制备血浆样品的系列稀释液（4:1 至 8748:10），并与每种假型病毒的 5 ng p24 在 1°C 下孵育 37 小时，然后，1×10⁴ 将HEK-ACE2细胞添加到每个孔中。将与假型病毒（A 系）一起孵育的 HEK293T 细胞（不表达 ACE2）用作阴性对照。 48小时后裂解细胞，并使用荧光素酶测定试剂(Promega)在Glomax 96微孔板发光计(Promega)中测量萤火虫荧光素酶活性。使用 GraphPad Prism 50 版计算每个稀释度的中和百分比并计算每个样品的 ID9.0.1。

统计分析

使用 GraphPad Prism 软件版本 9.1.2 进行统计分析。使用配对 Wilcoxon 符号排序检验对一组 SARS-CoV-2 假型病毒的中和抗体滴度 (NAbT) 进行多组比较，以及按性别和吸烟状态对 NAb 反应进行比较。因子变化计算为 ID 中几何平均滴度的差异₅₀ 与野生型假型病毒相比。使用Spearman检验进行NAbT与年龄或BMI之间的相关性分析。采用单因素方差分析和Tukey多重比较检验对感染性进行统计分析。 p 值≤0.05 被认为具有统计显着性。

道德批准

该研究方案得到了智利大学医学院伦理委员会（项目编号 0361-2021 和 N° 096-2020）和 Clínica Santa Maria（项目编号 132604-21）的批准。所有捐献者均签署知情同意书，其样本均进行匿名处理。

Lambda 变体中的尖峰突变对感染性和中和抗体反应的影响

对 3695 月 24 日存放在 GISAID 的智利 XNUMX 个序列进行的分析^th 2021 年显示，在最后三个月中，SARS-CoV-2 变体 Gamma 和 Lambda 明显占主导地位，合计占所有序列的 79%。

有趣的是，这一时期的特点是大规模的疫苗接种运动，截至 65.6 月 18 日，27% 的目标人群（XNUMX 岁及以上个体）接受了完整的疫苗接种计划^th 2021

鉴于接受完整方案接种的人中有 78.2% 接种了科兴生物的灭活病毒疫苗 CoronaVac，我们试图研究 Lambda 变体中存在的尖峰突变对该疫苗引发的抗体中和能力的影响。

为此，我们生成了基于 HIV-1 的 SARS-CoV-2 假型病毒，其携带来自 Wuu-1 参考谱系（野生型；谱系 A）的刺突蛋白、D614G 突变（谱系 B）和 Alpha（谱系 B） .1.1.7)、Gamma（谱系 P.1）和 Lambda（谱系 C.37）变体。

在病毒制备过程中，我们一致观察到，与 D614G 突变体或 Alpha 和 Gamma 变体相比，感染带有 Lambda 刺突的假型病毒的细胞产生显着更高的生物发光值，表明由 Lambda 刺突蛋白驱动的感染性增加

图1。由不同刺突蛋白介导的感染性。

(A) SARS-CoV-2 刺突蛋白和本研究中使用的变体的示意图。谱系在括号中标出。 RBD，受体结合域，CM；细胞质尾。

(B) 使用等量的 HIV-1 p24 对每个谱系的假型进行滴定。感染后 48 小时，以相对发光单位 (RLU) 的形式测量萤火虫荧光素酶活性。平均值和标准差是根据代表性的三次重复实验计算得出的。

接下来，我们使用上述假型病毒对来自智利大学和智利圣地亚哥圣玛丽亚诊所的健康医护人员的 79 份血浆样本进行了中和测定。

我们排除了 4 个样本，因为我们无法计算 ID50 滴度。在分析的样本中，73% 为女性，中位年龄 34 岁 (IQR 29 – 43)，最大身体指数 (BMI) 为 25 (IQR 22.7 – 27)。 20.5% 的参与者声称在免疫期持续期间是活跃吸烟者。接种第二剂 CoronaVac 疫苗后平均 95 天（IQR 76 – 96）获取样本

我们观察到，携带野生型刺突蛋白的假型病毒的中和导致 50% 的抑制稀释（ID₅₀) 平均滴度为 191.46 (154.9 – 227.95, 95% CI)，而其平均滴度为 153.92 (115.68 – 192.16, 95% CI)、124.73 (86.2 – 163.2, 95% CI)、104.57 (75.02 – 134.11, 95% CI) ）和 78.75（49.8 – 107.6，95% CI），对于携带 D614G 突变体或 Alpha、Gamma 和 Lambda 变体的刺突蛋白的假型病毒，分别为 XNUMX（XNUMX – XNUMX，XNUMX% CI）。

我们还观察到 ID 的几何平均滴度₅₀ 对于携带 Lambda 尖峰的假型病毒，滴度下降了 3.05 倍（2.57 – 3.61，95% CI）；对于携带 Gamma 尖峰的假型病毒，滴度下降了 2.33 倍（1.95 – 2.80，95% CI）；对于携带 Gamma 尖峰的假型病毒，滴度下降了 2.03 倍（1.71 – 2.41，95% CI）与野生型尖峰相比，Alpha 尖峰为 1.37（1.20 – 1.55，95% CI）。

在我们的研究队列中，没有观察到性别、年龄、体重指数（BMI）或吸烟状态与中和抗体滴度之间的相关性。